Un superordinateur a analysé le Covid-19

par aiki, lundi 21 septembre 2020, 16:05 (il y a 1306 jours)

https://sain-et-naturel.ouest-france.fr/analyse-le-covid-19.html?s=09

Le superordinateur Summit a analysé des données intéressantes sur le Covid-19

Le superordinateur Summit du Oak Ridge National Lab dans le Tennessee a analysé des données sur plus de 40 000 gènes provenant de 17 000 échantillons génétiques dans le but de mieux comprendre le Covid-19. Il s’agit du deuxième ordinateur le plus rapide au monde, mais le processus, qui impliquait l’analyse de 2,5 milliards de combinaisons génétiques, a encore pris plus d’une semaine.

Lorsque toutes les données ont été traitées, les chercheurs ont analysé les résultats. Le Dr Daniel Jacobson et ses collègues ont formulé une nouvelle hypothèse qui, selon eux, explique tout ce qui peut arriver une fois que le coronavirus a infecté votre corps. Ils pensent également savoir comment le traiter avec des médicaments déjà disponibles. Il s’agit de l’hypothèse de la bradykinine. Cette hypothèse fournit un modèle qui explique de nombreux aspects du Covid-19, y compris certains de ses symptômes. Il recommande également plus de 10 traitements potentiels, dont beaucoup sont déjà approuvés par la FDA. Le groupe de Jacobson a publié ses résultats dans un article de la revue eLife début juillet.

Les données de l’ordinateur Summit montrent que le nouveau coronavirus n’infecte pas seulement les cellules dotées de récepteurs ACE2, qui se lient à la protéine de pointe du pathogène. Il incite plutôt le corps à réguler à la hausse les récepteurs ACE2 dans des endroits où ils ne sont pas présents normalement, dont les poumons. Le virus se propage ensuite dans le corps, pénétrant dans les cellules d’autres endroits où les récepteurs ACE2 sont aussi présents: les intestins, les reins et le cœur. Cela explique probablement au moins certains des symptômes cardiaques et gastro-intestinaux de la maladie.

La maladie n’a pas changé, mais la compréhension scientifique a considérablement évolué
Le système rénine-angiotensine-aldostérone (SRAA ou pour RAAS les anglophones) contrôle de nombreux aspects du système circulatoire, y compris les niveaux corporels d’un produit chimique appelé bradykinine, qui aide normalement à réguler la pression artérielle. Selon l’analyse de l’équipe, lorsque le virus modifie le SRAA, les mécanismes de régulation de la bradykinine se détraquent. Les récepteurs de la bradykinine sont resensibilisés et le corps arrête également de décomposer efficacement la substance, ce qui conduit à une « tempête de bradikine », qui est une accumulation massive et incontrôlable de bradykinine dans le corps.

Selon l’hypothèse de la bradykinine, c’est cette tempête qui serait responsable de certains des effets mortels du Covid-19. L’équipe de Jacobson dit dans son article que «la pathologie de Covid-19 est probablement le résultat de tempêtes de bradykinine plutôt que de tempêtes de cytokines», qui avait été précédemment identifiée chez des patients Covid-19, mais que «les deux peuvent être intimement liés.» D’autres articles avaient précédemment identifié les tempêtes de bradykinine comme une cause possible des pathologies de Covid-19.

À mesure que la bradykinine s’accumule dans le corps, elle augmente considérablement la perméabilité vasculaire. Cela correspond aux données cliniques récentes, qui considèrent de plus en plus le Covid-19 principalement comme une maladie vasculaire plutôt que respiratoire. Mais le Covid-19 a toujours un effet important sur les poumons. Le composé augmente la perméabilité vasculaire, ce qui signifie que l’eau du sang peut fuir à travers les vaisseaux et dans les tissus voisins. Quand cela se produit dans les poumons, le liquide commence à s’accumuler et les cellules du système immunitaire finissent également par se mélanger, ce qui provoque l’inflammation.

Et le COVID-19 pourrait avoir un autre effet qui complique encore les choses.
Le virus augmente la production d’acide hyaluronique (AHL) dans les poumons. Le AHL est souvent utilisé dans les savons et les lotions pour sa capacité à absorber plus de 1000 fois son poids en liquide. Lorsqu’il se combine avec une fuite de liquide dans les poumons, les résultats sont désastreux: il forme un hydrogel, qui peut remplir les poumons chez certains patients.

L’hypothèse de la bradykinine s’étend également à de nombreux effets du Covid-19 sur le cœur. Environ un patient hospitalisé de Covid-19 sur cinq a des lésions cardiaques, même s’il n’a jamais eu de problèmes cardiaques auparavant. Une partie de cela est probablement due au virus qui infecte le cœur directement par les récepteurs ACE2. Mais le RAS contrôle également certains aspects des contractions cardiaques et de la pression artérielle. Selon les chercheurs, les tempêtes de bradykinine pourraient créer des arythmies et une pression artérielle basse, qui sont souvent observées chez les patients atteints de Covid-19.

L’hypothèse de la bradykinine explique aussi les effets neurologiques du Covid-19, qui sont parmi les éléments les plus surprenants et les plus préoccupants de la maladie. Ces symptômes (qui comprennent des étourdissements, des convulsions et un accident vasculaire cérébral) sont présents chez jusqu’à la moitié des patients hospitalisés. Selon Jacobson et son équipe, des études d’IRM en France ont révélé que de nombreux patients atteints du Covid-19 présentaient des signes de fuite des vaisseaux sanguins dans leur cerveau.

La bradykinine – en particulier à des doses élevées – peut également entraîner une rupture de la barrière hémato-encéphalique. Dans des circonstances normales, cette barrière agit comme un filtre entre le cerveau et le reste du système circulatoire. Si les tempêtes de bradykinine provoquent la rupture de la barrière hémato-encéphalique, cela pourrait permettre à des cellules et des composés nocifs de pénétrer dans le cerveau, entraînant une inflammation, des lésions cérébrales potentielles et de nombreux symptômes neurologiques ressentis par les patients atteints de Covid-19.

Une augmentation des taux de bradykinine pourrait également expliquer d’autres symptômes communs de Covid-19.

Les inhibiteurs de l’ECA, une classe de médicaments utilisés pour traiter l’hypertension artérielle, ont un effet similaire sur le système SRAA que le Covid-19, augmentant les taux de bradykinine.

Les inhibiteurs de l’ECA sont connus pour provoquer une toux sèche et de la fatigue, deux symptômes classiques de Covid-19. Et ils peuvent potentiellement augmenter les taux de potassium sanguin, ce qui a également été observé chez les patients atteints de Covid-19. Les similitudes entre les effets secondaires des inhibiteurs de l’ECA et les symptômes de Covid-19 renforcent l’hypothèse de la bradykinine, déclarent les chercheurs.

Bien que l’hypothèse de la bradykine soit encore une théorie émergente, elle explique plusieurs autres symptômes apparemment étranges du Covid-19. Le phénomène dermatologique décrit comme l’orteil COVID peut aussi être attribué à la capacité du composé à augmenter la perméabilité vasculaire.

La substance pourrait également avoir un effet sur la glande thyroïde, ce qui pourrait expliquer les symptômes thyroïdiens.
Les chercheurs notent que certains aspects du système SRAA sont liés au genre, avec des protéines pour plusieurs récepteurs (comme celui appelé TMSB4X) situés sur le chromosome X, ce qui peut expliquer pourquoi les hommes sont plus à risque que les femmes dans le COVID-19.

Comme le soulignent Jacobson et son équipe, plusieurs médicaments ciblent des aspects du SRAA et sont déjà approuvés par la FDA pour certains traitements. Plusieurs, comme le danazol, le stanozolol et l’écallantide, réduisent la production de bradykinine et pourraient potentiellement empêcher une tempête de bradykinine. L’icatibant, pourrait quant à lui atténuer ses effets une fois qu’elle est déjà dans le corps.

Selon Jacobson et son équipe, la vitamine D pourrait aussi être utile dans la gestion du COVID-19 car elle est impliquée dans le système SRAA et pourrait réduire un composé différent. Ces médicaments pourraient prévenir les tempêtes de bradykinine. Ensuite, l’hymécromone est un médicament différent qui pourrait réduire les niveaux de AHL, ce qui pourrait diminuer les complications pulmonaires. Enfin, un autre médicament appelé timbétasine pourrait imiter le mécanisme qui protège les femmes.

Cependant, il est important de noter qu’il ne s’agit que de spéculations basées sur les résultats. D’autres recherches sont nécessaires sur le sujet, et cette hypothèse mérite probablement d’être étudiée. Ces médicaments devraient être testés dans des essais cliniques, comme l’indiquent les chercheurs.